本校前身為日據時期的「臺北帝國大學」，創立於1928年（即民國17年），初設文政與理農學部，學生約60人。1936年增設醫學部，1943年增設工學部，同年理、農分為兩學部。另有附屬農林專門部、附屬醫學專門部、熱帶醫學研究和預科。該年並增設南方人文研究所及南方資源研究所。

帝大時期，學部之下設「講座」，每一講座由一位專任教授主持，其下編制有助教授、助手、講師及僱員等，為經費預算獨立並多附設圖書室的研究單位。截至1945年，5個學部總計有講座114個，其中文政學部25個、醫學部24個、理學部13個、農學部22個、工學部30個，學生382人。